CB_banner_new.jpg
Alan Turing, biológus

Alan Turing, biológus

2013.01.30. 21:53 dolphin

turing_fish.jpgAz Enigma rejtélyének megfejtése, és a Turing-teszt megalkotása után Alan Turing új kihívásokat keresett és azokat végül a biológiában találta meg. Egész pontosan a biológiai minták matematikai leírása és képződésük feltételezett mechanizmusa kezdte izgatni zseniális elméjét és ennek a nyomát őrzi legendás 1952-es cikke, amelyben (egyebek mellett) megalkotta a foltszerű mintázatok leírására és modellezésére mindmáig leginkább használt "reakció-diffúzió mechanizmust". 

Turing zsenialtása már rögtön ott tettenérhető, hogy ráérzett, a látszólag random vonalak és foltok összessége jól megfogalmazható matematikai törvényszerűségeknek engedelmeskedik, amelyeknél elég néhány paraméter megváltoztatása és egészen különböző mintázatok leírását érhetjük el segítségükkel. 

turing_model_1.jpgA szabály lényege, hogy ha van egy A aktivátor molekulám, ami pl. pigmentkialakulást okoz (de kültakarón kívül, mindez igaz minde más, molekuláris szinten detektálható mintára). Az A rendelkezik egy adott diffúziós konstanssal, meg persze azzal a tulajdonsággal, hogy aktiválja önmagát és I-t is, saját inhibitorát, jellgezetes pozitív illetve negatív feed-back köröket hozva létre. I szintén rendelkezik egy diffúziós konstanssal, ami történetesen nagyobb, mint az A megfelelő értéke. Ha mindez megvan, akkor minden adott a gyönyörű mintázatok kialakulásához.

(A mellékelt ábra képletei ne ijesszenek meg senkit, tényleg nagyon könnyen megemészthetők. F(A,I) és G(A,I) a két molekula közti kölcsönhatást írja le, ami A szemszögéből nézve gátlás, I esetében pedig aktiválás, a DA és DI a két diffúziós konstans.)

A kiindulási állapot általában csak stochasztikus különbségeket rejt az aktivátor koncentrációjában, de ezek elegendők lesznek, hogy a pozitív feed-back segítségével az aktivátor ezeken a helyeken feldúsuljon. Ugyanakkor az inhibitor megjelenése és gyors diffúziója biztosítja, hogy ezek a feldúsulások csak lokálisak maradjanak és ne az egész szövet ússzon az aktivátorban. (Az alábbi ábrán A-ból P, I-ből  pedig S lett, de egyébként minden ua..) 

turing_model_2.pngEnnyi a lényeg, a kezdeti paraméterek beállítása aztán majd ontja a minta-kavalkádokat. És ami még jobb: minden jel arra mutat, hogy ezek nagyon is jó leírói lesznek a valóságnak. Az alábbi ábrán egy pigmentáció mutáns zebradánió törzs (leopard) különböző erősségű mutáns alléjainak hordozóit láthatjuk összevetve egy szimulált mintasorozattal, ahol az aktivátor alap-szintétisének szintje - ezt fejezi ki a c - változik csak. 

leopard_danio.jpg

Persze nem a kültakaró mintája az egyetlen példa: a főbb jelátviteli útvonalak - Wnt, Nodal - egyaránt ezt a logikát használják önszabályozásra, ahogy még néhány más fejlődésbiológiai folyamat működése is ebbe az irányba mutat, de ezekről majd később. 

Még több matematika a fejlődésbiológiában. 

(A fiatal császárhal képe innen származik. Enigma rajongóknak pedig ez kötelező darab.)


A.M. Turing (1952) The chemical basis of morphogenesis. Phil. Trans. R. Soc., B237: 37–72.
Torii KU (2012) Two-dimensional spatial patterning in developmental systems. Trends in Cell Bio 22(8): 438–446.
Asai R, Taguchi E, Kume Y, Saito M, Kondo S (1999) Zebrafish leopard gene as a component of the putative reaction-diffusion system. Mech Dev 89(1-2): 87-92.

9 komment mintázatok Tovább
Alan Turing, biológus Tovább
Facebook Tumblr Tweet Pinterest Tetszik
0
9 komment

Ajánlott bejegyzések:

  • Hogyan vernek át? A mérgezett víz esete Hogyan vernek át? A mérgezett víz esete
  • Mikortól jelent meg a nyugati világban a post-truth szemlélet? Mikortól jelent meg a nyugati világban a post-truth szemlélet?
  • Hogyan tervezzünk új antibiotikumot? Hogyan tervezzünk új antibiotikumot?
  • Működnek -e a Sars-CoV-2 tesztek? Reloaded. Működnek -e a Sars-CoV-2 tesztek? Reloaded.
  • Felszarvazva - 4. Felszarvazva - 4.

A bejegyzés trackback címe:

https://criticalbiomass.blog.hu/api/trackback/id/tr505051955

Trackbackek, pingbackek:

Trackback: Ujjszámeredet - 2. 2014.08.21. 09:16:47

Bő éve már írtam egy hosszabb posztot arról, hogy miként magyarázható az ujjaink kialakulása a fejlődés során Turing-mechanizmus segítségével. Akkor valahol ott hagytuk abba, hogy minden jel szerint ha létezik egy ilyen mechanizmus, azt Hox fehérjék (e...

Trackback: Ujjszám eredet 2013.04.15. 21:58:27

A béka hátsó lábában, a gekkók melső végtagjában és a mi kezünkben a számtalan homológ csontocska mellett is feltünő egy, fontos, közös vonás: mindannyiunknak öt ujja van. Az öt ujjúság a szárazföldi négylábú gerincesek nagy közös vonása, olyannyira, h...

Trackback: Macskabunda, gepárdbunda 2013.02.08. 10:23:30

Amint arra az előző posztomban is utaltam, az állatok külalakját meghatározó mintázatok kialakulása és nagy variációja, illetve az ezek mögött rejlő molekuláris mechanizmus régóta foglalkoztatja a kutatóközösséget. Ennek megfelelően sok mindent tudunk ...

Kommentek:

A hozzászólások a vonatkozó jogszabályok  értelmében felhasználói tartalomnak minősülnek, értük a szolgáltatás technikai  üzemeltetője semmilyen felelősséget nem vállal, azokat nem ellenőrzi. Kifogás esetén forduljon a blog szerkesztőjéhez. Részletek a  Felhasználási feltételekben és az adatvédelmi tájékoztatóban.

fordulo_bogyo 2013.01.31. 09:18:01

Koszi, nagyon erdekes ez is!
A foltok kialakulasat a magyarazat alapjan ertem, vagy legalabb is sejtem. A szabalyos csikok, amik a vad tipusu zebra danion vannak, azok is magyarazhatoak igy?
Válasz erre 

ppp2 2013.01.31. 10:17:22

@fordulo_bogyo: @fordulo_bogyo: igen (sőt az igazi zebrákéi is). kicsit talán baj is: ami túl sok mindent magyaráz, az nem magyaráz semmit:).

googlizz rá a "reaction-diffusion"-re (képkeresővel). amúgy ilyen mintákat létre lehet hozni petricsészében, a megfelelő anyagok összekeverésével. mégjobbak a kétkomponensű fémek olvadékaiban fagyás során kialakuló dendritek. ezt is lehet hasonlóképpen modellezni (phase field theory), és ebben egy magyar kutatócsoport --Gránásyék-- is nagyon jó.

nézd végig ezeket a képeket, sokkal-sokkal menőbb, mint a foltok:):

www.szfki.hu/~grana/crystal.html

kicsit hasonló még a frontokhoz, szolitonokhoz (csak ott a nemlinearitás és a diszperzió összjátéka hoz ki egy nagyon stabil megoldást, és persze az időben másodrendű (hullámegyenlet))

dolphin: engem az érdekelne, h az egyenlet paramétereit (konkrétan ebben az esetben) és a kölcsönhatási tagokat honnan vették? megmérték (a diffúziót tippem szerint nagyon könnyű mérni)? egyáltalán a kölcsönhatás konkrét alakjára mennyire érzékeny a rendszer (tipp: nagyon)? mert akkor pláne érdekelne, h mi a pontos alakja, és azt honnan vették (tipp: a legegyszerűbb fvényt keresték, ami a megfelelő mintát hozza:)), el nem tudom képzelni, h ezt hogy lehetne rendesen mérni.
Válasz erre 

Apeiron (törölt) 2013.01.31. 18:24:01

@ppp2:

"egyáltalán a kölcsönhatás konkrét alakjára mennyire érzékeny a rendszer (tipp: nagyon)? "

Eléggé.

"el nem tudom képzelni, h ezt hogy lehetne rendesen mérni."

Nem pontosan ezt mérik, de érdekes lehet számodra.

angel.elte.hu/cellmotility/
Válasz erre 

Apeiron (törölt) 2013.01.31. 18:24:48

" kiindulási állapot általában csak stochasztikus különbségeket rejt az aktivátor koncentrációjában, de ezek elegendők lesznek, hogy a pozitív feed-back segítségével az aktivátor ezeken a helyeken feldúsuljon. Ugyanakkor az inhibitor megjelenése és gyors diffúziója biztosítja, hogy ezek a feldúsulások csak lokálisak maradjanak és ne az egész szövet ússzon az aktivátorban."

Azért ez nem teljesen így van. Egy reakció diffúzió egyenletrendszerben az időtől nem függő stabil megoldás körülik kis amplitudójú zavarok viselkedése attól függ, hogy milyenek az egyenlet paraméterei és milyenek a geometriai viszonyokt. Bizonyos feltételek mentén lesz oszcilláció, mintázatképződés stb, máskor pedig nem. Ráadásul a kezdeti feltételekben "csak stochasztikus különbségek" nagyon sok mindent befolyásolnak. Konkrétan erős korrelálatlan térbeli zaj szerintem semmilyen RD rendszerben nem hoz létre oszcillációt.

Az ELTE-n egyébként vannak a dolognak kutatói mind a Kémia, mind a Fizika, mind a Matematikai Intézetben. Kurzusokat is szoktak tartani.

Természetesen a titeket érdeklő témában (matekdevo?) is van magyar kutató, Forgács Gábor

forgacslab.missouri.edu/

Könyve is van

www.amazon.com/Biological-Physics-Developing-Embryo-Forgacs/dp/0521783372
Válasz erre 

ppp2 2013.01.31. 18:25:02

.
Válasz erre 

ppp2 2013.02.01. 11:42:52

@Apeiron: köszönöm. kicsit utána mentem, ezt érdemes megnézni:

intl-rsfs.royalsocietypublishing.org/content/2/4/487.full

a matek az elején senkit ne riasszon el, ezek az egyenletek a posztban szereplő modellekre példák (1.1 is, ha a diffúziómátrix diagonális, u kétdimenziós és f-et megfelelően választjuk). megnézeget olyan dolgokat is, mint a kezdeti feltételek hatása, finoman utal a perem fontosságára, de nem megy bele részletesen (az nagyon nem meglepő, h a peremfeltételekkel való játszadozásnak drámai hatása van a mintázatra), a zaj és a domain növekedésének hatása.

megnéztem, a Farkas Miklós "Dynamical Models in Biology" könyvében foglalkozik kicsit a kérdéssel (5.2.es alfejezet), nagyon egyszerű matekkal. hivatkozik egy cikkre, amit nem tudtam elérni: Thomas, D. (1975). Artificial enzyme membranes, transport, memory and oscillatory phenomena, in Analysis and Control of Immobilized Enzyme Systems,
Berlin: Springer-Verlag, 115-150.

ebben állítólag empirikus adatokból vezeti le az egyenleteket. ez érdekelne. ha valaki meg tudja szerezni, szóljon.

kapcsolódik még: Meinhardt: Models of Biological Pattern Formation, letöltöttem, de még nem olvastam bele.
Válasz erre 

Apeiron (törölt) 2013.02.13. 22:29:02

@ppp2: BME könyvtár, raktári jelzet 246.128

aleph.omikk.bme.hu/F/VP7IQU9T4SD2BRDSYIVDXD24V9ANU32IMC1BCVAEU9N39QGK75-05522?func=find-b&request=Analysis+and+control+of+immobilized+enzyme+systems&find_code=WRD&x=0&y=0&filter_code_1=WLN&filter_request_1=&filter_code_2=WYR&filter_request_2=&filter_code_3=WYR&filter_request_3=
Válasz erre 

ppp2 2013.02.14. 15:21:57

@Apeiron: köszönöm.
Válasz erre 

G. M. E. · http://duplapluszjo.hu 2013.06.03. 22:05:43

Azzal egyetértek, hogy Turing zseniális, és ez a jelenség is az, de maga a gondolat szerintem trivialitás.
Válasz erre 
Mégsem
Mégsem

Megjegyzés:
Facebook

Mijez

A Kritikus Biomassza egy főként biológusokból álló baráti társaság blogja, ahol megmondjuk a véleményünket mindenféle biológiával kapcsolatos témáról és nemcsak...

Keresés

impakták

Utolsó kommentek

  • Kovacs Nocraft Jozsefne: @Mesterséges Geci: Ahogy egy másik blogba küldött kommentemben írtam, lehetünk ló- és tehéntrágya nagyhatalom is, minek ipar ebbe az országba? Bár a tehén nem jó, mert sok metánt fingik a légkörbe... (2023.02.21. 20:59) Hogyan vernek át? A mérgezett víz esete
  • Sexcomb: @Mesterséges Geci: Eltűnt valamilyen hozzászólásod? Akkor? Az a cenzúra, hogy nincs cenzúra? Tehát neked van egy erős érzelmi alapállásod, amivel hogy ha nem egyeznek a valóság tényei, akkor inkább... (2023.02.21. 19:42) Hogyan vernek át? A mérgezett víz esete
  • Mesterséges Geci: @Sexcomb: gáz, ha ezt magyarázni kell. Cenzúra = csak az jelenhet meg, amit megengedek. Előmoderáció... lássuk csak... ja, igen, ez pontosan az. Ennél már csak az a nagyobb gáz, ahogy ezt itt a blo... (2023.02.21. 19:37) Hogyan vernek át? A mérgezett víz esete
  • Mesterséges Geci: Ja, és (lásd előző, még hivatkozni sem tudok rá) pont az Átlátszó hírhedt a félrevezető cikkei miat... Aham... a nemzethhy sajtóban, meg a fideSS propagandistái körében. (2023.02.21. 19:36) Hogyan vernek át? A mérgezett víz esete
  • Sexcomb: @Mesterséges Geci: Ha elolvastad volna, rájöttél volna, hogy erről egyáltalán nem szól. Milyen cenzúra? Moderáció azért kell, mert viszonylag gyakran akarnak hozzászólásnak álcázott potencianövelő... (2023.02.21. 18:10) Hogyan vernek át? A mérgezett víz esete
  • Utolsó 20

Friss topikok

  • Kovacs Nocraft Jozsefne: @Mesterséges Geci: Ahogy egy másik blogba küldött kommentemben írtam, lehetünk ló- és tehéntrágy... (2023.02.21. 20:59) Hogyan vernek át? A mérgezett víz esete
  • fuhur: Szerintem az áránál fontosabb kérdés a tű bisszahúzásának a hibaszázaléka. (2022.04.27. 18:53) L-SOMA a gyomorinjektáló kapszula
  • Untermensch4: @lpt1: "milyen érdekes ez a sok GMO-hülye, aki veled szembe jön az autópályán, nem?" Mikor Berta n... (2021.04.29. 21:41) Hogyan duplázhatnánk meg a magyar GDP -t?
  • Tony Multh: Kedves Kalmár Éva, azt kérdezem, hogy a kb 10 évvel korábbi cíkke óta miként látja ma, 2021-ben a ... (2021.03.25. 18:55) Ketogén diétával a rák ellen?
  • glantos70: Érdekes cikk, köszi! (2021.03.05. 21:05) Miért egyenlőtlen a Lyme-kór fertőzések eloszlása?

Facebook

Tovább a Facebook-ra

YouTube csatorna

Címkék

#geekemberek (1) abiogenezis (2) adathordozás (1) adhd (1) agouti (3) agy (5) aids (2) alex (1) alkohol (3) áltudományok (6) alvas (1) anatómia (10) antibiotikum (9) antidepresszáns (1) antipszichotikum (1) antitest (1) anyatej (1) archeogenetika (2) astyanax (4) atavizmus (1) autofágia (1) baktérium (11) ben goldacre (4) biobulvár (56) biodizájn (11) biohacking (2) biokémia (3) biotechnológia (10) biotrial (1) bmp (1) bőr (1) bt toxin (11) burgess shale (1) cannabis (1) carl zimmer (1) cb10 (11) cb10-retro (3) cc-by 4.0 (1) chemoton (1) cichlid (1) cliff tabin (1) craig venter (3) CRISPR (12) csalánozók (1) csigák (1) csokeveny szervek (13) ctvt (1) cukorbetegség (1) daganatok (5) david kingsley (6) deextinkció (2) denevér (4) denisova (3) devbio101 (12) dezinformáció (3) diybio (1) DNS (17) dohanyzas (1) domesztikáció (3) dopping (1) Drosophila (1) ebola (2) ediakara fauna (2) élethossz (1) élet és tudomány (72) elsevier (1) embryo (10) endocannabinoid (1) epigenetika (3) értelmes tervezés (13) értem (12) érzékelés (1) etika (1) evodevo (86) evolucio (168) evolúció (12) exobiológia (1) fajképződés (4) fehérje (4) fejlábúak (2) fgf (1) filmkritika (2) first peoples (2) flagellum (2) fossziliák (25) fotók (1) foxp2 (5) gene-drive (1) génexpresszió (8) genomok (13) gensebeszet (79) génterápia (4) george church (10) geospiza (2) gépház (3) gmo vita (112) gomba (9) greenpeace (10) gyógyszerkísérlet (7) h1n1 (1) hal (1) halak (2) hangya (1) háziasítás (7) hgt (10) hiv (3) homeopatia (5) homo floresiensis (5) homo naledi (1) homo neanderthalis (13) homo sapiens (6) hox (19) hülyeség (3) human (49) idegelettan (8) illúziók (1) immun (9) impakták (11) influenza (1) intelligens tervezés (15) intelligent design (15) ismeretterjesztés (3) járvány (7) kabóca (1) karotenoid (1) kérészek (1) ketogén diéta (1) kettős hélix (1) kettős spirál (1) kezdőknek (5) kitlg (2) klíma (4) kolónia (1) konvergens evolúció (4) könyvajánló (16) környezetvédelem (6) kozmetika (1) kreacionizmus (17) kromoszómák (1) kutya (14) lamarck (1) látás (4) lebontó folyamatok (1) lovak (4) lúgosítás (2) macska (5) madar (2) magnetorecepció (1) malaria (1) malária (1) mamut (3) march for science (1) matemorfózis (1) mc1r (11) meetup (34) melanizmus (1) membracidae (1) méreg (3) mezőgazdaság (1) mikrobiológia (19) mikrobióm (2) mikroRNS (3) mimikri (1) mintázatok (18) modszerek (3) molekuláris gasztronómia (19) mooc (4) mosaicscience (2) mta (3) műanyag (2) myostatin (2) négyes hélix (1) neil shubin (2) neurobiológia (4) nipam patel (1) nobel díj (7) növénybiológia (4) nyelvkészség (1) ökológia (3) olimpia (1) oltások (10) oltványozás (3) ölveczky bence (1) onthophagus (4) opszin (4) optogenetika (1) öregedés (3) organoid (1) öröklődés (13) orvoslás (3) őssejt (9) oxitec (1) paleontológia (1) paleo diéta (6) papagáj (2) parabiózis (1) paraziták (4) peromyscus (3) peter grant (2) pettyesaraszoló (2) pigmentáció (1) pinty (6) placebo (1) polio (2) probiotikum (1) pszeudogének (7) pszichedelikumok (1) pterosaurus (1) puhatestűek (2) ragályos rák (1) rákkutatás (17) rasszizmus (3) regeneráció (2) rendezetlen fehérjék (1) rendszertan (1) retrogén (5) richard lenski (4) RNS (5) rosemary grant (2) rovarok (1) sarlatánok (3) SARS-CoV-2 (1) sean b carroll (2) sejtosztódás (2) shh (1) shinja jamanaka (1) shinya yamanaka (1) snowball (2) specáció (1) steve horvath (1) sügérek (2) szekvenálás (1) szem (14) szendi gábor (6) szépségipar (1) szex determináció (3) szimuláció (1) szintetikus biológia (3) szúnyogok (1) tájékozódás (1) tánc (2) táplálkozástudomány (18) tarsadalom (8) TDCS (1) természetfilm (1) tiktaalik (1) tim hunt (1) többsejtűség (2) toxoplasma (3) transzpozon (3) tudkom (11) tudomány történet (8) tudpol (15) tükörteszt (4) tüskéspikó (3) űrkutatás (1) végtagfejlődés (3) velőléc (1) vércsoportok (1) vírusok (3) viselkedés (7) werner szindróma (1) wnt (1) wolbachia (7) zika (1) Címkefelhő

Archívum

  • 2023 február (1)
  • 2022 május (1)
  • 2022 február (2)
  • 2021 március (2)
  • 2021 február (3)
  • 2020 december (1)
  • 2020 október (1)
  • 2020 augusztus (2)
  • 2020 július (7)
  • 2020 június (4)
  • 2020 május (3)
  • Tovább...

Feedek

  • RSS 2.0
    bejegyzések, kommentek
  • Atom
    bejegyzések, kommentek
XML

Creative Commons

Creative Commons Licenc

Egyéb

evolúció, biológia, genetika, fejlődéstan, kreacionizmus, intelligent design, intelligens tervezés, áltudományok, biology, genetics, evolution
süti beállítások módosítása
Dashboard